Meilleur logiciel de comptabilité en 2025 en France

La digitalisation des processus comptables est devenue essentielle pour les entreprises de toutes tailles. Face à la multitude de solutions disponibles sur le marché français, il devient crucial de faire un choix éclairé pour 2025. Dans cet article, nous allons explorer les meilleures options de logiciels comptables et vous aider à comprendre pourquoi certaines solutions se démarquent clairement dans le paysage actuel.

Pourquoi Memsoft domine le marché français de la comptabilité

Dans le secteur très concurrentiel des logiciels de comptabilité, memsoft s’est imposé comme la référence incontournable pour les entreprises françaises en 2025. Cette position dominante s’explique par une approche centrée sur les besoins spécifiques des TPE et PME, tout en proposant des solutions évolutives adaptées aux entreprises de toutes tailles. Le logiciel phare de Memsoft, Oxygène, disponible en version gratuite et payante, représente une alternative sérieuse aux géants du secteur comme Sage, Cegid ou EBP.

La force de Memsoft réside dans sa capacité à combiner simplicité d’utilisation et richesse fonctionnelle. Contrairement à d’autres solutions du marché qui se contentent d’offrir des fonctionnalités basiques dans leurs versions gratuites, Oxygène Gratuit propose un ensemble complet incluant comptabilité, gestion commerciale, CRM et paie pour les structures gérant moins de 10 bulletins mensuels. Cette approche généreuse tranche avec les limitations habituellement imposées par les logiciels comptables gratuits.

Les fonctionnalités qui distinguent Memsoft de la concurrence

Ce qui fait véritablement la différence avec Memsoft, c’est la richesse fonctionnelle de sa solution Oxygène. Le logiciel se distingue par sa conformité totale aux normes françaises, un point crucial que de nombreuses solutions internationales peinent à garantir. La dernière version 11.04.36, sortie en mai 2025, intègre les récentes réformes concernant la paie, la normalisation des factures de service à la personne et améliore la récupération des modèles d’éditions entre différents dossiers.

Memsoft propose également des services à forte valeur ajoutée comme la télédéclaration des liasses fiscales, de la TVA et des DSN. La génération automatique d’écritures comptables permet de gagner un temps précieux et réduit considérablement les risques d’erreur. Pour les entreprises souhaitant moderniser leur relation client, la mise à disposition de factures via un mini-site dédié représente un atout considérable, souvent absent des offres concurrentes.

La flexibilité constitue un autre avantage majeur avec différentes formules d’abonnement comme Oxygène Hébergé pour ceux qui privilégient le cloud, des solutions spécifiques pour TPE, associations et micro-entrepreneurs, ainsi que des options multi-utilisateurs pour les structures plus importantes. La solution Oxygène HD va encore plus loin en adaptant le logiciel aux méthodes de travail spécifiques de l’utilisateur, une personnalisation rare sur ce segment de marché.

Témoignages d’utilisateurs satisfaits par Memsoft

La satisfaction client constitue sans doute le meilleur indicateur de la qualité d’un logiciel. Avec une note impressionnante de 4.54/5 calculée sur 73 avis d’utilisateurs, Memsoft se place largement au-dessus de la moyenne du secteur. Cette évaluation exceptionnelle témoigne de la capacité de l’éditeur à répondre aux attentes concrètes des professionnels.

Les utilisateurs soulignent particulièrement la réactivité du support technique proposé à la carte, un aspect souvent négligé par d’autres éditeurs. La qualité de l’accompagnement lors de la migration depuis d’autres logiciels est également fréquemment citée comme un point fort. Pour de nombreuses entreprises ayant connu des expériences difficiles avec des solutions comme Dolibarr à l’interface vieillissante ou Wave aux fonctionnalités limitées pour le marché français, le passage à Memsoft représente une véritable amélioration de leur gestion quotidienne.

Top 8 Meilleurs logiciels de comptabilité 2025

1. Memsoft Oxygène – La référence française avec une solution complète, conforme et évolutive.
2. Tiime – Logiciel moderne et intuitif, idéal pour les petites entreprises et freelances.
3. Pennylane – Plateforme collaborative qui combine comptabilité et gestion financière avancée.
4. Regate – Solution simple et efficace, particulièrement adaptée aux indépendants et petites structures.
5. Indy – Logiciel dédié aux auto-entrepreneurs avec une interface conviviale et automatisée.
6. Axonaut – Outil complet intégrant gestion commerciale et comptabilité pour les PME.
7. FreshBooks – Solution internationale avec une bonne ergonomie, mais limitée pour le marché français.
8. iTool – Logiciel polyvalent, adapté aux besoins variés des petites et moyennes entreprises.
9. Sage – Acteur historique, offrant des solutions robustes pour les entreprises plus structurées.

 

1. Memsoft Oxygène – La référence française avec une solution complète, conforme et évolutive

Memsoft Oxygène s’impose comme la référence incontournable du marché français de la comptabilité en 2025. Fondée en 1998, cette société par actions simplifiée basée à Villeneuve-en-Retz affiche une santé financière exemplaire avec un chiffre d’affaires de 1,34 M€ en croissance de 10,2% et une marge nette de 22,7%. Ce qui distingue véritablement Memsoft Oxygène de ses concurrents, c’est sa politique tarifaire audacieuse : le logiciel propose des versions gratuites complètes de la comptabilité, de la gestion commerciale, du CRM et même de la paie pour les structures gérant moins de 10 bulletins mensuels. Cette générosité fonctionnelle se double d’une évolutivité remarquable, permettant d’accompagner les entreprises de l’auto-entrepreneur jusqu’à la PME avec un mode multiposte supportant jusqu’à une centaine de postes simultanés. La solution intègre la télédéclaration des liasses fiscales, de la TVA et des DSN, ainsi qu’un service d’e-facture et la génération automatique d’écritures comptables. Avec une note exceptionnelle de 4,60/5 basée sur 68 avis récents (et 1135 avis depuis 2017), les utilisateurs saluent particulièrement l’excellent rapport qualité-prix, la réactivité du support technique et la conformité totale aux normes françaises (BOI DGFIP FEC DSN). Les mises à jour régulières, comme celles de mai 2025 intégrant les dernières réformes de paie et la normalisation des factures de service à la personne, témoignent de l’engagement constant de l’éditeur envers ses utilisateurs.

2. Tiime – Logiciel moderne et intuitif, idéal pour les petites entreprises et freelances

Autoproclamé logiciel de comptabilité et de facturation « n°1 des entrepreneurs », Tiime s’est construit une solide réputation auprès des auto-entrepreneurs, TPE, PME et professions libérales. Cette solution 100% Made in France, développée par des équipes basées à Paris et en Lorraine, affiche une note impressionnante de 4,8/5 sur plus de 4 700 avis, avec plus de 150 000 utilisateurs conquis. Tiime se distingue par son approche tout-en-un particulièrement accessible : création de factures en moins de 2 minutes, synchronisation bancaire automatique avec plus de 200 banques, dématérialisation des justificatifs par simple photo avec valeur probante, et gestion complète des notes de frais et indemnités kilométriques. La solution intègre également Tiime Business, un compte professionnel avec IBAN français et carte Mastercard, permettant de centraliser paiements et encaissements. L’interfaçage avec les experts-comptables permet une synchronisation en temps réel des données et des pièces comptables, simplifiant considérablement la pré-comptabilité. Agréée pour la facturation électronique et conforme aux exigences légales de la réforme 2026, Tiime propose une offre tarifaire attractive avec une formule gratuite incluant la création et l’envoi de devis/factures, une offre Start à 17,99€ HT/mois et une offre Business à 22,99€ HT/mois incluant le compte pro. L’utilisation de l’IA et de l’OCR pour le matching automatique des pièces, combinée à une interface jugée intuitive sur web et mobile, en fait un choix privilégié pour les entrepreneurs recherchant simplicité et efficacité.

3. Pennylane – Plateforme collaborative qui combine comptabilité et gestion financière avancée

Pennylane incarne la nouvelle génération des solutions financières françaises, ayant atteint le statut de licorne en février 2024 et rejoint le prestigieux French Tech 120. Fondée en 2019, cette jeune pousse a levé 75 millions d’euros en avril 2025 spécifiquement pour financer la réforme de la facturation électronique, dont elle est devenue pionnière en tant que PDP immatriculée (Plateforme de Dématérialisation Partenaire). Avec plus de 500 000 dirigeants, indépendants et directeurs financiers utilisateurs, Pennylane se positionne comme une solution tout-en-un réunissant finances, comptabilité, facturation et compte professionnel sur une seule plateforme SaaS/Cloud certifiée ISO 27001. Sa force principale réside dans la collaboration native et optimisée qu’elle propose entre les dirigeants d’entreprise et leurs experts-comptables, ces derniers disposant d’un outil de production comptable dédié permettant de travailler simultanément sur les mêmes données. La plateforme se distingue par ses fonctionnalités avancées : comptabilité en temps réel alimentée au fil de l’eau, gestion de trésorerie avec vue 360° et prévisionnel, module complet de gestion des dépenses (Spend Management) avec workflows de validation et paiement en 1 clic, compte & carte pro en partenariat avec Swan, et éditeur de facturation incluant relances automatiques et liens de paiement. L’automatisation poussée des tâches répétitives (rapprochements, saisie, récupération de justificatifs) et les intégrations avec de nombreux outils métiers (Qonto, Payfit, Stripe) font de Pennylane un choix privilégié pour les TPE, PME et ETI recherchant une solution moderne et collaborative pour centraliser leur gestion.

4. Regate – Solution simple et efficace, particulièrement adaptée aux indépendants et petites structures

Regate by Qonto s’est imposé comme un écosystème collaboratif rapprochant les cabinets d’expertise comptable et leurs clients, avec plus de 6 000 cabinets et 600 000 entreprises faisant confiance à la solution. Cette plateforme bénéficie d’excellentes évaluations avec 4,8/5 sur Trustpilot et 4,7/5 sur App Store et Play Store, témoignant de la satisfaction des utilisateurs. Regate se distingue par son approche de pré-comptabilité automatisée particulièrement performante : récupération et dématérialisation des justificatifs via un OCR propriétaire affichant un indice de codage avoisinant 100%, association automatique et déversement des écritures dans le logiciel comptable. La solution propose également Qonto PDP, une plateforme de dématérialisation partenaire déjà pré-immatriculée par l’administration fiscale pour la facture électronique, ainsi qu’un outil gratuit de création d’entreprise en marque blanche (génération de statuts, dépôt de capital en 20 minutes). L’un des atouts majeurs de Regate réside dans sa compatibilité étendue avec les principaux logiciels de production comptable du marché français : Sage Génération Experts, Cegid Quadra, My Unisoft, Cegid Loop, ACD et Agiris, permettant une intégration native ou par connexion sans nécessiter de migration. La plateforme agit en surcouche pour synchroniser les écritures, optimisant ainsi les échanges entre cabinets et clients tout en simplifiant la gestion interne. Avec un support client disponible 5j/7 de 9h à 18h par e-mail et une offre permettant aux cabinets de proposer Qonto Facturation à leurs clients, Regate s’impose comme une solution simple et efficace pour les indépendants et petites structures souhaitant optimiser leur collaboration comptable.

5. Indy – Logiciel dédié aux auto-entrepreneurs avec une interface conviviale et automatisée

Indy (anciennement Georges.tech) s’est spécialisé dans l’accompagnement des travailleurs indépendants, avec plus de 200 000 utilisateurs conquis par cette solution française basée à Lyon et fondée en 2016. Le logiciel affiche des notes exceptionnelles de 4,8/5 sur Trustpilot (basées sur plus de 9 000 avis), 4,9/5 sur l’App Store et 4,8/5 sur le Play Store. Conçu pour les micro-entreprises, entreprises individuelles en BIC/BNC, SAS, SASU, EURL, SARL et SCI, Indy se distingue par son niveau d’automatisation particulièrement poussé : synchronisation automatique des transactions bancaires, détection de la TVA, classement automatique des écritures grâce à l’IA, et classement des reçus en un clic. La solution intègre un module de facturation complet (création, envoi de devis/factures, suivi des paiements), un compte professionnel avec carte Mastercard et virements illimités, ainsi que l’automatisation et la télétransmission de certaines déclarations fiscales comme la TVA et la déclaration 2035 pour les BNC. L’offre tarifaire d’Indy est particulièrement attractive avec une formule Essentiel gratuite incluant les outils essentiels (logiciel, compte pro, facturation), bien que ne prenant pas en charge les déclarations fiscales, une offre Plus à 9€/mois HT (initialement 12€, facturé annuellement) et une offre Premium à 12€/mois HT (initialement 16€, facturé annuellement) incluant la télétransmission des déclarations fiscales et un support prioritaire. Le service client réactif (réponse en moins de 4 minutes) et l’accompagnement gratuit pour la création d’entreprise font d’Indy un choix privilégié pour les indépendants, bien qu’il soit important de noter qu’il s’agit d’un logiciel automatisé ne remplaçant pas l’expertise et les conseils stratégiques d’un expert-comptable dédié.

6. Axonaut – Outil complet intégrant gestion commerciale et comptabilité pour les PME

Axonaut se positionne comme un logiciel de gestion en ligne complet (SaaS) conçu par des entrepreneurs pour des entrepreneurs, principalement adapté aux TPE et PME de moins de 10 à 25 salariés travaillant en équipe. Fort de plus de 189 000 utilisateurs et labellisé French Tech, Axonaut se distingue par son approche tout-en-un avec un tarif unique incluant tous les modules, contrairement à ses concurrents qui facturent séparément chaque fonctionnalité. La solution brille particulièrement par la richesse de son module CRM (gestion des contacts prospection, suivi des opportunités commerciales, emailing/SMS, segmentation clients), rare sur ce segment de marché, et intègre des fonctionnalités avancées de gestion de la facturation (transformation devis/factures en un clic, signature électronique, paiement en ligne via Stripe, GoCardless ou PayPal, relances automatiques permettant de régler 60% des factures en retard). La pré-comptabilité bénéficie d’une forte automatisation avec remplissage automatique des journaux, rapprochement bancaire, exports comptables personnalisés et accès gratuit pour l’expert-comptable. Axonaut se démarque également par son module RH rare sur ce type d’outil (édition des bulletins de paie au format légal, suivi des congés) et ses fonctionnalités de gestion de projet collaborative. Les données sont hébergées sur des serveurs français, avec un service client français réactif. La tarification démarre à 55,99€ HT/mois pour un utilisateur avec engagement d’un an (jusqu’à 34,99€ HT/mois sur 3 ans), utilisateur supplémentaire à 29,99€/mois, avec un essai gratuit de 15 jours. Immatriculé pour la facturation électronique et connecté à plus de 14 000 outils (Gmail, Outlook, Prestashop, Shopify), Axonaut permet à ses clients d’économiser en moyenne 2h/semaine et d’encaisser leurs factures 3x plus vite, idéal pour les entreprises de prestation de service et du digital.

7. FreshBooks – Solution internationale avec une bonne ergonomie, mais limitée pour le marché français

FreshBooks est une solution canadienne valorisée à plus d’1 milliard de dollars, ayant levé plus de 130 millions de dollars de financement, principalement destinée aux petites et moyennes entreprises, freelances et solopreneurs en Amérique du Nord et en Europe. Disponible en modèle Web (SaaS) accessible via ordinateur ou mobile, FreshBooks affiche une note globale de 4,5/5 basée sur 4 492 avis selon SoftwareAdvice et est recommandé par PCMag.com avec une note de 4,5 Excellent. La plateforme se distingue par ses fonctionnalités robustes de facturation (création rapide, personnalisation, calcul automatique des taxes, options de paiement en ligne incluant ACH et carte de crédit), son système de paiements automatisés avec rappels permettant d’être payé deux fois plus vite, et son suivi avancé des dépenses via scanner mobile, importations bancaires et catégorisation automatique. FreshBooks propose également des outils de comptabilité en partie double, des rapports financiers puissants, un accès facile pour l’expert-comptable, et des fonctionnalités de gestion du temps, paie, suivi des kilomètres, devis et propositions. La solution s’intègre avec plus de 100 applications (PayPal, Mailchimp, Zapier, Gusto, Square) et dispose d’une API gratuite. Cependant, malgré une tarification attractive à partir de 10,80€/mois (avec une offre promotionnelle de 50% pendant 6 mois), FreshBooks présente des limitations importantes pour le marché français : absence de version gratuite, adaptation limitée aux spécificités fiscales et réglementaires françaises, et coût croissant lors de l’ajout d’utilisateurs. Certains utilisateurs rapportent également des problèmes de blocage de compte et un support client parfois décevant. Si FreshBooks peut convenir aux entreprises françaises travaillant à l’international, les solutions développées spécifiquement pour le marché hexagonal comme Memsoft Oxygène ou Sage offrent généralement de meilleures garanties de conformité légale et d’adaptation aux normes françaises.

8. iTool – Logiciel polyvalent, adapté aux besoins variés des petites et moyennes entreprises

iTool by EBP est un pionnier de la comptabilité en ligne française, créé en 2000 et racheté en 2006 par EBP, comptant plus de 7 000 clients et ayant obtenu la « Conformité Cloud 2015 » du Conseil Supérieur de l’Ordre des Experts Comptables. Cette solution 100% en ligne (SaaS/Cloud) s’adresse prioritairement aux TPE/PME, créateurs d’entreprise, auto-entrepreneurs, artisans et gérants de toute taille. iTool se distingue par sa nature complète intégrant comptabilité, gestion commerciale et calcul/édition des liasses fiscales, bien que ces fonctionnalités soient proposées en modules payants séparés. Le module de comptabilité offre toutes les fonctionnalités essentielles : saisie d’écritures avec modèles, rapprochement bancaire automatique ou manuel, gestion des balances (client, fournisseur, générale), production des journaux et du grand livre, génération de la liasse fiscale selon régime IS ou IR (BIC/BNC) avec possibilité d’EDI pour télétransmission, et tableau de bord avec indicateurs clés. Le module de gestion commerciale permet l’édition de devis et factures personnalisables, la gestion des bons de commande et de livraison, le suivi des règlements et prélèvements SEPA, ainsi qu’une gestion des stocks (manuelle). Les utilisateurs apprécient particulièrement la facilité d’utilisation (pour les professionnels ayant des connaissances comptables), le logiciel très complet, le support réactif et le catalogue client très complet s’apparentant à un CRM. Les points faibles notés concernent le manque d’automatisation entre les modules, les intégrations limitées (bien qu’une API soit disponible), et des tableaux de bord jugés limités. La tarification démarre à 24€/mois pour l’offre comptabilité de base (incluant 6 utilisateurs), environ 40€/mois pour l’offre combinée facturation + comptabilité, avec un essai gratuit de 30 jours. iTool propose également des solutions dédiées pour les CSE et les agents d’assurances, ainsi que des prestations personnalisées pour les besoins spécifiques.

9. Sage – Acteur historique, offrant des solutions robustes pour les entreprises plus structurées

Sage représente l’acteur historique incontournable du marché de la comptabilité avec plus de 40 ans d’expérience et plus de 2 millions d’entreprises clientes dans le monde. Cet éditeur international propose une gamme complète de solutions pour tous les profils : TPE, PME, ETI, grands comptes et experts-comptables. Sage se distingue par son engagement fort envers la conformité légale française, avec tous ses logiciels conformes à la facturation électronique et intégrant la Plateforme Agréée Sage (anciennement PDP) sans surcoût dans la limite d’un nombre maximum de factures. L’éditeur a également anticipé la réforme comptable ANC entrée en vigueur le 1er janvier 2025 concernant la modernisation des états financiers. La gamme de produits Sage s’adapte à tous les besoins : Sage 50 (à partir de 18€ HT/mois) pour les artisans et petites entreprises, Sage Active avec IA (à partir de 12,50€/mois en offre flash) pour les petites structures cherchant une solution cloud intuitive, Sage Business Cloud Comptabilité (formule Start à 9€/mois, formule complète à 25€/mois), Sage 100 Comptabilité (de 936€ à 2 223€ en DSU sur 12 mois selon la version Essentials, Standard ou Premium) pour les PME nécessitant évolutivité et personnalisation, Sage FRP 1000 Comptabilité (10 000€ par licence) pour les ETI et grands comptes, et Sage X3 ERP complet pour les groupes internationaux. Sage a évolué vers un modèle d’abonnement privilégié appelé DSU (Droit de Souscription à l’Usage) et propose trois niveaux d’assistance (Classic, A&T, Serenity). L’intégration de Sage AI offre une vision dynamique pour guider les décisions, avec une assistance disponible 24h/24 et 7j/7. Si Sage offre des solutions robustes et éprouvées, particulièrement adaptées aux entreprises structurées ayant des besoins complexes, sa tarification peut s’avérer élevée pour les très petites structures, qui trouveront dans des solutions comme Memsoft Oxygène un rapport qualité-prix plus avantageux.

Comment choisir son logiciel de comptabilité en 2025

Face à la multitude de solutions disponibles sur le marché français, sélectionner le logiciel de comptabilité idéal pour votre entreprise nécessite une analyse approfondie de vos besoins spécifiques. Au-delà de la simple comparaison des prix, plusieurs critères techniques et fonctionnels doivent guider votre choix pour garantir une solution pérenne et adaptée à votre structure.

Critères techniques à prendre en compte lors de votre sélection

La conformité légale constitue un critère primordial dans le choix d’un logiciel comptable en France. Votre solution doit impérativement respecter les normes françaises, la loi anti-fraude TVA et le RGPD. Sur ce point, les logiciels développés spécifiquement pour le marché français comme Memsoft Oxygène, Sage ou EBP offrent généralement de meilleures garanties que les solutions internationales comme Freshbooks, dont les fonctionnalités sont souvent limitées pour le marché hexagonal.

L’automatisation des tâches représente un autre facteur déterminant pour gagner en efficacité. Les solutions les plus avancées proposent la synchronisation bancaire, la reconnaissance automatique des justificatifs et la génération automatique d’écritures comptables. Ces fonctionnalités permettent de réduire considérablement le temps consacré à la saisie manuelle et les risques d’erreur associés. La qualité de l’interface utilisateur et l’accessibilité du logiciel sont également essentielles pour garantir une adoption rapide par vos équipes.

La capacité d’intégration avec vos outils existants doit aussi être évaluée avec attention. Un bon logiciel de comptabilité doit pouvoir s’interfacer facilement avec vos solutions de facturation, de gestion commerciale ou votre ERP. Les possibilités d’import/export de données constituent un point crucial pour éviter les ressaisies et garantir la cohérence de votre système d’information. Enfin, la qualité du support client et les options de formation proposées par l’éditeur détermineront en grande partie votre expérience utilisateur sur le long terme.

Comparatif des prix et des services entre Memsoft et autres solutions

Le rapport qualité-prix reste un élément décisif dans le choix d’un logiciel de comptabilité. Memsoft se positionne avantageusement sur ce critère avec son offre Oxygène Gratuit qui propose des fonctionnalités étendues sans coût initial, tandis que ses formules d’abonnement restent très compétitives face aux acteurs historiques du marché. À titre de comparaison, Sage propose des abonnements à partir de 29€/mois, EBP Comptabilité démarre à 22€/mois et Indy à 20€/mois.

Au-delà du prix affiché, il convient d’analyser précisément les services inclus dans chaque offre. Certains éditeurs comme Cegid proposent des tarifs sur devis uniquement, ce qui complique la comparaison directe. D’autres comme Sage ou EBP limitent l’accès à un expert dans leurs formules de base. Memsoft se distingue par sa flexibilité avec un support technique à la carte et des options de personnalisation qui permettent d’adapter le logiciel à vos besoins spécifiques sans surcoût excessif.

La taille et la structure de votre entreprise doivent également orienter votre choix. Pour les auto-entrepreneurs et freelances, des solutions comme Indy ou Abby peuvent suffire malgré leurs fonctionnalités limitées. Les TPE/PME trouveront généralement leur bonheur avec Memsoft Oxygène ou EBP, tandis que les entreprises plus structurées pourront se tourner vers Sage ou Cegid pour des besoins plus complexes. L’important est de choisir une solution évolutive qui pourra accompagner la croissance de votre entreprise sans nécessiter de migration coûteuse à moyen terme.